Au début du 7e siècle, la princesse Sopatra, fille de l’empereur byzantin Maurikios, et son amie Eustolia fondèrent un couvent sur la cinquième colline d’Istanbul. Offert par l’empereur, le terrain s’étendait au nord de la Citerne d’Aspar et avait auparavant servi de cimetière.
Ce premier complexe disparut pendant la domination latine consécutive à la quatrième croisade. Après la reconquête de la ville par les Byzantins en 1261, Isaac Doukas reconstruisit un simple monastère à un étage sur le même site, qui fut plus tard décoré par un peintre nommé Modestos.
Le complexe prit sa forme actuelle grâce à Maria Palaiologina, fille illégitime de l’empereur Michel VIII et veuve d’Abaqa Khan de l’Ilkhanat mongol. De retour à Istanbul en 1281 après la mort de son mari, elle reconstruisit le couvent, obtint le titre de fondatrice et donna à l’église l’appellation grecque de Mouchliōtissa.
Après la mort de Maria, le couvent périclita car ses héritiers en hypothéquèrent les biens. À la suite d’un procès intenté par les nonnes, le patriarcat jugea faux le chrysobulle impérial des héritiers et restitua les droits de propriété aux religieuses, bien que le couvent finit par être abandonné vers la fin de l’empire.
Le 29 mai 1453, jour de la chute d’Istanbul, les environs du bâtiment furent le théâtre de la dernière résistance désespérée des Grecs. Civils et soldats se précipitèrent à l’intérieur de l’église pour s’y barricader, provoquant des combats acharnés et des pertes ottomanes, dont le porte-drapeau du sultan.
L’église reçut son nom turc, Kanlı Kilise, en raison du massacre horrible survenu lors de la brèche, tandis que la route menant depuis la Corne d’Or est toujours connue sous le nom de Sancaktar Yokuşu en l’honneur du porte-drapeau ottoman tombé au combat.
La tradition veut que le sultan Mehmed II ait concédé l’église à la mère de Christodoulos, l’architecte grec de la mosquée Fatih. Cette concession fut plus tard confirmée par Bayezid II, permettant au bâtiment de rester un lieu de culte orthodoxe grec en activité plutôt que d’être transformé en mosquée.
Ravagé par les incendies à Fener en 1633, 1640 et 1729, le bâtiment fut réparé et agrandi au fil du temps. Une petite école fut ajoutée à proximité à la fin du 19e siècle, suivie d’un clocher en 1892.
Sur le plan architectural, l’église présente un plan tétraconque avec un dôme central reposant sur quatre demi-dômes, ce qui en fait un cas unique dans l’architecture byzantine. L’intérieur est dépouillé de ses décors d’origine mais regorge d’icônes, notamment une icône en mosaïque de la Theotokos datant du 11e siècle.
Aujourd’hui, les visiteurs peuvent trouver l’église derrière un haut mur sur la rue Tevkii Cafer Mektebi dans le quartier de Fener. Des fouilles et un passage souterrain, qui selon la légende mène à Sainte-Sophie, sont visibles sous la structure.
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