拜占庭皇帝毛里求斯的女儿索帕特拉公主和她的朋友埃乌斯托利亚，在7世纪初于伊斯坦布尔的第五座山丘上建造了一座修道院。这座建筑建在阿斯帕尔蓄水池北部一片曾是墓地的土地上，是在皇帝的捐赠下实现的。
第四次十字军东征后建立的拉丁帝国期间，这座最初的建筑被彻底摧毁。随着该城在1261年被拜占庭人重新夺回，乔治·阿克罗波利斯的岳父、米海尔八世的舅舅伊萨基奥斯·杜卡斯在同一地点建立了一座单层简陋修道院，后来该建筑由画家莫德斯托斯进行了装饰。
赋予这座建筑当前形态的是皇帝米海尔八世的私生女、蒙古伊利汗国统治者阿巴卡汗的妻子玛丽亚·代斯皮娜·帕莱奥洛吉娜。丈夫死后于1281年返回伊斯坦布尔的玛丽亚重建了该修道院并获得了创始人的称号，这里因此赢得了纪念蒙古人生母玛利亚的穆赫利奥蒂萨别称。
玛丽亚去世后，修道院财产引发了继承人与修女之间的法律纠纷。在宗主教认定继承人提供的地契是伪造的之后，修道院的权利被归还给修女，但这座延续到帝国末期的建筑随着时间推移而被荒废。
在伊斯坦布尔征服发生的1453年5月29日，该建筑周边成为了最后抵抗场景的发生地。民众和士兵避难于教堂进行抵抗；据称冲突中包括奥斯曼帝国旗手在内有人员伤亡，流淌的鲜血甚至流到了金角湾。
血色教堂这个名字源于关于这些激烈冲突和流血事件的当地传说。通往教堂的坡道则为了纪念在冲突中丧生的奥斯曼旗手而被命名为旗手坡。
据传苏丹穆罕默德二世将这座教堂捐赠给了法提赫清真寺的建筑师阿蒂克·锡南的母亲。这一捐赠后来也得到了巴耶济德二世的确认，因此该建筑没有被改建为清真寺，而是留给希腊东正教社群进行礼拜。
在历史上芬内尔街区发生的大火中受损的建筑在1633、1640和1729年进行了修缮和扩建。19世纪末期其旁增建了一所小学校，1892年则增设了钟楼。
该教堂以其属于拜占庭时期、拥有中心穹顶的独特平面以及四半穹顶构成的十字形建筑风格引人注目。尽管内部空间已远离其原始装饰，但仍藏有属于11世纪的马赛克圣像和许多珍贵文物。
游客可以通过芬内尔的特夫基·贾法尔学校街观赏这座隐藏在高墙之后的建筑。在建筑下方，则分布着据称延伸至圣索菲亚大教堂的古代地下通道和发掘区域。
