Das Gebäude befindet sich im Istanbuler Stadtteil Fatih, im Viertel Davutpaşa und im Komplex des Cerrahpaşa-Universitätskrankenhauses. Ursprünglich handelte es sich um eine byzantinische ostorthodoxe Kirche mit unbekanntem Patrozinium. Sie liegt am Süduhang des siebten Hügels von Konstantinopel mit Blick auf das Marmarameer in dem Viertel namens ta Dalmatou.
Obwohl der genaue Ursprung des byzantinischen Gebäudes ungewiss bleibt, wurde es entlang des südlichen Zweigs der Mese-Straße errichtet, direkt innerhalb der verschwundenen Konstantin-Mauer, in der Nähe eines alten Tors, möglicherweise dem Exakionios-Tor oder dem Saturninus-Tor. Ein Vergleich seines Ziegelwerks mit den Pammakaristos- und Chora-Kirchen legt nahe, dass es zwischen dem Ende des dreizehnten und dem Beginn des vierzehnten Jahrhunderts in der palaiologischen Ära erbaut wurde. Seine vorgeschlagene Identifizierung mit dem Iasites-Kloster bleibt ungewiss.
Nach der Eroberung Konstantinopels durch die Osmanen im Jahr 1453 wurde das Tor, das dem Gebäude seinen türkischen Namen Isa Kapi gab, 1509 durch ein Erdbeben zerstört. Dieses Ereignis markierte einen Wendepunkt im Schicksal des Bauwerks.
Zwischen 1551 und 1560 wandelte Wesir Hadim Ibrahim Pascha das Gebäude in eine kleine Moschee um. Gleichzeitig wurde Hofarchitekt Mimar Sinan beauftragt, den Komplex zu erweitern, indem er eine Medrese und eine Dershane baute, die mit der alten Kirche verbunden waren. Die Platzierung dieser religiösen Einrichtungen in dünn besiedelten Vierteln entlang der Theodosianischen Mauern, wo die Bevölkerung überwiegend christlich war, spiegelte den Wunsch des Wesirs wider, eine Politik der Islamisierung zu verfolgen.
Während des siebzehnten Jahrhunderts wurde der Komplex mehrfach durch Erdbeben beschädigt und 1648 restauriert. 1741 förderte ein anderer Oberkammerer, Ahmet Agha, den Bau eines kleinen Brunnens. Das große Istanbuler Erdbeben von 1894 zerstörte das Gebäude jedoch und hinterließ nur zwei stehende Wände, bevor es aufgegeben wurde.
Das Gebäude wies einen rechteckigen Grundriss von 17.0 Metern mal 6.80 Metern auf, mit einem einzigen Kirchenschiff, das im Osten mit einer Bema und drei Apsiden endete. Die zentrale Apsis wurde in osmanischer Zeit abgerissen und durch eine Mauer ersetzt. Das äußere Ziegelmauerwerk bestand aus abwechselnden Reihen von weißen Steinen und roten Ziegeln, wodurch ein für die späbyzantinische Zeit typischer Farbeffekt erzielt wurde.
Das Innere der Kirche war mit Fresken aus der palaiologischen Ära geschmückt. Zwei Fresken in der Südupsis, die den Erzengel Michael und den hl. Hypatios darstellten, waren 1930 noch sichtbar, sind aber seither verschwunden. An den erhaltenen Wänden zeigen sich noch Stuckdekorationen und ein Fries aus Stuckarabesken im Relief.
Zwei Seiten des Hofes sind von der Medrese besetzt, die elf Zellen zur Unterbringung von Studenten sowie eine Dershane umfasst. Enge Platzverhältnisse zwangen Mimar Sinan dazu, einen Plan zu wählen, der stark von den Standardlösungen für Komplexe dieser Art abwich. Der Eingang des Hofes ist mit einem kleinen Sebil geschmückt.
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