费特希耶清真寺坐落于伊斯坦布尔法提赫区的恰尔尚巴（Çarşamba）街区，其最初的名字是帕马卡里斯托斯（Theotokos Pammakaristos）修道院教堂，是一座源远流长的拜占庭中期古建筑。虽然学者们将该教堂的修建时间追溯到十一至十二世纪，但也有一些研究人员将其源头推至八世纪，并将其与多位皇帝联系在一起。
关于该教堂的创始身份，存在着不同的说法和已遗失的碑文。根据一块现已不存的碑文记载，该修道院由约翰·科穆宁与其妻子安娜·杜卡伊娜共同建立。到了十三世纪末，该房产落入 protostrator 米海尔·杜卡斯·格拉巴斯·塔尔哈尼奥特（Michael Doukas Glabas Tarchaneiotes）手中，并经其之手进行了大规模翻新。
米海尔·格拉巴斯逝世后，其妻玛丽亚受洗成为修女，法号玛莎，并在教堂南侧为纪念丈夫修建了一座带有前廊（narthex）的两层侧殿（parekklesion）。由诗人曼努埃尔·菲勒斯（Manuel Philes）撰写的优雅奉献铭文环绕在侧殿的内外两侧，保留了这段时期的记忆。
在奥斯曼土耳其人征服该城之后，这座建筑的命运发生了重大转变。大约从1455年至1587年间，它曾作为君士坦丁堡普世牧首区（Ecumenical Patriarchate of Constantinople）的所在地。多年来，牧首宝座在这座神圣的围墙内主持了多次重大的宗教宗教会议。
在苏丹穆拉德三世统治期间，随着对格鲁吉亚和阿塞拜疆的征服，该建筑被改建为清真寺，以纪念征服的胜利。在宰相锡南帕夏（Sinan Pasha）的主持下，这里建立了一所伊斯兰学校（madrasa），并为纪念这场征服胜利而将其命名为费特希耶清真寺。
改建过程给建筑的结构带来了深刻的变革。主教堂的后殿和内墙被拆除，以便建造面向麦加朝拜方向的米哈拉布（mihrab）和更宽敞的礼拜空间，并增建了一座宣礼塔。历经时间的洗礼、火灾与地震，该建筑在不同历史时期经历过多次修复。
在共和国时期获得博物馆地位后，该建筑的侧殿部分在美国拜占庭研究所（Byzantine Institute of America）和敦巴顿橡树园（Dumbarton Oaks）开展的工作下重现了其马赛克艺术。二十世纪中叶，内部的马赛克和壁画重见天日，晚些时候主建筑也重新开放供人们礼拜。
今天，当游客探索伊斯坦布尔这一独特的建筑时，他们会同时看到作为清真寺使用的主大殿以及收藏着晚期拜占庭艺术最杰出马赛克作品的侧殿博物馆。主穹顶之上的全能基督（Pantocrator）像与后殿中的画作交相辉映，作为无声的见证者，将过去的痕迹延续至当下。
